Дальневосточный научно-исследовательский, проектно-изыскательский и конструкторско-технологический институт морского флота (ДНИИМФ) был образован 12 мая 1926 года – в этот день приказом Народного комиссара путей сообщения СССР на Дальнем Востоке было образовано Управление портовых изысканий на Тихом океане (УПИТО).

В 1931 году УПИТО вошло в состав строительного треста «Дальводстрой Наркомвода» и получило наименование «Проектно-изыскательское бюро Дальводстроя».

В 1940 году бюро преобразовано в Дальневосточное отделение Центроморпроекта (Дальморпроект).

В 1960 году на базе Дальморпроекта был сформирован Дальневосточный филиал Государственного проектно-изыскательского и научно-исследовательского института морского транспорта (Союзморниипроекта) - Дальморниипроект.

В 1987 году приказом Министра морского флота СССР на базе Дальморниипроекта, Дальневосточного центрального проектно-конструкторского бюро, Дальневосточного филиала Центрального научно-исследовательского института морского флота (ЦНИИМФа), Отраслевой лаборатории экономической и коммерческой информации ДВВИМУ им. адмирала Г. И. Невельского создан Дальневосточный научно-исследовательский, проектно-изыскательский и конструкторско-технологический институт морского флота (ДНИИМФ).

В 1993 году в результате акционирования ДНИИМФ получил статус Открытого акционерного общества «Дальневосточный научно-исследовательский, проектно-изыскательский и конструкторско-технологический институт морского флота» (ОАО «ДНИИМФ»).

22 июня 2016 года, в связи с приведением наименования организационно-правовой формы института в соответствие с законодательством, ОАО «ДНИИМФ» стало Акционерным обществом «Дальневосточный научно-исследовательский, проектно-изыскательский и конструкторско-технологический институт морского флота» (АО «ДНИИМФ»).