Началом проектирования является подготовка исходных данных (обоснование расчетных грузооборотов, выбор транспортного флота, определение провозной способности этого флота и т. д.), где задействованы специалисты экономической группы, которые выполняют и завершают этап, определяя технико-экономические показатели.

Группа компоновки сооружений и безопасности мореплавания занимается компоновкой территории и акватории морских портов, выполняет рациональную конфигурацию причального фронта, определяет параметры подходных каналов, размеры внешней и внутренней акватории порта, назначает проектные глубины на операционной и маневровой акваториях, решает вопросы безопасности мореплавания на входе и выходе в порт и удобном маневрировании при подходе судов к причалам.

Группа принимала и принимает участие во всех работах ОАО «ДНИИМФ» по проектированию морских терминалов и перегрузочных комплексов.

Специалисты технологической группы, имеющие высокую квалификацию, профессионализм и опыт, выполняют технологические разделы проектной документации перегрузочных комплексов на стадиях предложений, деклараций, инвестиционных проектов, проектов и рабочей документации, разрабатывают рабочие технологические карты, технические требования на поставку оборудования и осуществляют консультации заказчиков по вопросам взаимодействия с фирмами - поставщиками оборудования.

Технологи отдела портов способны запроектировать перегрузочные комплексы любого назначения и разработать схемы механизации и технологию грузовых работ с использованием универсального и специализированного перегрузочного оборудования, а именно:
- универсальные крановые схемы механизации;
- схемы механизации с использованием конвейерного оборудования;
- схемы механизации с использованием контейнерного оборудования;
- схемы механизации с использованием пневмотранспорта.

На стадии предложений и инвестиционных проектов разрабатывались комплексы для перегрузки глинозема, цемента, химических удобрений, лесных и генеральных грузов, крупнотоннажных контейнеров.

Основанием для выполнения сотрудниками отдела портов работ по охране и безопасности труда на проектируемых объектах являются требования Трудового кодекса Российской Федерации (раздел X). Раздел по охране и безопасности труда содержит подтверждение соответствия государственным нормативным требованиям условий труда на рабочих местах, регламент выполнения правил, процедур, критериев, направленных на сохранение жизни и здоровья работников в процессе трудовой деятельности. Организация производства и управления, обеспечение санитарно-гигиенических условий, обустройство санитарно-бытовых помещений, выявление льгот и компенсаций для работающих и их оценка условий труда, разработка мероприятий по безопасности выполнения технологических операций - вот основной перечень задач, решаемых данным разделом. Прохождение государственной экспертизы является важным этапом, завершающим разработку данного раздела. Раздел выполняется специалистами по лицензии ОАО «ДНИИМФ» 2008 года: «Выполнение проектных работ, в том числе: перегрузочные комплексы, охрана труда».

Отделом выполняется раздел по инженерно-техническим мероприятиям гражданской обороны и мероприятия по предупреждению чрезвычайных ситуаций (ИТМ ГОЧС) в составе проектов, выполняемых институтом, а также по заявкам других проектных организаций (ООО «Ризалит», ЗАО ПИНИИ «Дальводпроект», ООО НВП «Турбо-блок-Сервис», ЗАО НПКФ «Норфес») для объектов, расположенных в Дальневосточном регионе.

В рамках требований Международного кодекса по охране судов и портовых средств (Кодекса ОСПС) сотрудники отдела выполняют работы по оценке охраны и разрабатывают планы охраны портовых средств (в активе отдела более 100 разработанных Планов охраны, охвачено более 60 портовых средств Дальневосточного региона). Отделом не только разрабатываются Планы охраны, но и осуществляются консалтинговые услуги в области охраны портовых средств и сопровождение разработанных планов.

В рамках требований закона о промышленной безопасности специалистами отдела выполняются работы по разработке плана локализации и ликвидации аварийных ситуаций (ПЛАС) на химико-технологических объектах, таких как нефтебазы, автозаправочные станции, склады горюче-смазочных материалов, объектах по перегрузке опасных грузов и т. д.

В области требований постановления правительства Российской Федерации «О единой государственной системе предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций» отделом выполняются работы по разработке планов по предупреждению и ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов для организаций, располагающих складами (хранилищами) нефтепродуктов или их перегружающих, для объектового и местного уровня реагирования.

Специалисты сектора экологии отдела портов осуществляют разработку предпроектной, в том числе предынвестиционной и проектной документации в области охраны окружающей среды как в составе выполняемых институтом проектов, так и для других проектных организаций:
- оценки воздействия намечаемой хозяйственной и иной деятельности на окружающую среду (ОВОС);
- перечня мероприятий по охране окружающей среды (ПМ ООС);
- проектов санитарно-защитных зон;
- программ экологического мониторинга состояния окружающей среды.

Для действующих предприятий сектор экологии выполняет разработку проектов нормативов предельно допустимых выбросов загрязняющих веществ в атмосферу, проектов нормативов допустимых сбросов веществ и микроорганизмов в водные объекты, проектов нормативов образования отходов производства и потребления и лимитов на их размещение; проведение инвентаризации источников воздействия на окружающую среду; подготовку материалов для лицензирования деятельности по обращению с опасными отходами; разработку паспортов опасных отходов; оформление годовой статистической отчетности об образовании и размещении отходов, выбросах и сбросах загрязняющих веществ, расчет плановых годовых и ежеквартальных платежей за негативное воздействие на природную среду.

Кроме того, специалисты-экологи выполняют подготовку материалов для оформления договоров водопользования и решений о предоставлении водных объектов в пользование, подготовку материалов, обосновывающих перевод земель из одной категории в другую.

Разработка всей указанной проектной документации ведется в соответствии с действующим законодательством РФ в области охраны окружающей среды.

Сотрудники сектора осуществляют постоянное сопровождение процесса согласования проектной документации в контрольно-надзорных природоохранных органах, выполняют оформление пакета документов для проведения государственной экологической экспертизы и государственной экспертизы проектной документации на федеральном и региональном уровнях (город Москва, город Хабаровск).

Сектор экологии работает в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими институтами Дальневосточного отделения Российской Академии наук, различными научно-производственными организациями Дальнего Востока. Сотрудники отдела сектора экологии регулярно повышают квалификацию на специализированных семинарах и курсах, организованных различными учебными и образовательными учреждениями России и Дальнего Востока.